Sebagai SMA paling bungsu (SMA Negeri Ke-6) di Kabupaten Wonosobo, SMA N 1 Mojotengah pada awalnya masih bergabung dengan SMA N 1 Wonosobo. Seiring perjalanan waktu, pemerintah mendirikan Unit Sekolah Baru (USB) di desa Kebumen, Kecamatan Mojotengah. Berdasarkan Keputusan Menteri Pendidikan & Kebudayaan RI Nomor 291/1999 tentang Pembukaan dan Penegrian Sekolah maka diberi nama SMA N 1 MOJOTENGAH .
Masih dalam situasi keterbatasan yang ada, tanggal 23 Maret 1999 (yang selanjutnya di peringati sebagai HUT SMA N 1 Mojotengah), sekolah ini digunakan secara resmi untuk kegiatan belajar mengajar. Waktu itu baru 9 ruang kelas (3 kelas paralel) yang dipakai.
Tahun 2004, SMA N 1 Mojotengah dapat membeli tanah yang lokasinya berada di belakang sekolah seluas ± 1.600 m2. Dengan dana Komite Sekolah dan bantuan Bupati Wonosobo tersebut maka luas tanah secara keseluruhan menjadi ± 8.400 m2 dan telah bersertifikat dan sebagian dalam proses bersertifikat (tanah baru).
Tahun Pelajaran 2006/2007 ini, SMA N 1 Mojotengah telah memiliki luas tanah 8. 580 m 2 dengan luas bangunan 3. 439, 27 m2, halaman 4. 390, 73 m2, serta lapangan olah raga seluas 750 m2.
